для контейнера, содержащего ТОЛЬКО объекты, подлежащие сортировке, можно просто удалить всех, а потом поставить в новом порядке:

Код:
private function sortChilds():void
{
var indxArr:Array = [];
var len:int = numChildren;
while (numChildren > 0)
{
var child:DisplayObject = getChildAt(0);
indxArr.push({ child:child, z: zOrder(child)});//zOrder - метод, возвращающий критерий глубины (scaleY, например)
removeChild(child);
}
indxArr.sortOn("z", Array.NUMERIC | Array.DESCENDING );
for (var i:int = 0; i < len; i++)
{
addChild(indxArr[i].f);
}
}