У меня была такая задача, я ограничился тем, что шифровал файлы картинок, а флешка их динамически расшифровывала, т е все было возложено на клиент. Т е для вскрытия нужно было декомпилировать флешку и инвертировать алгоритм, а затем скачать все фотки и прогнать их по этому алгоритму. При хорошем подборе функции это сделать не так легко. Для особых извращенцев: берем интерпретатор Brainfuck на js (проскакивал где-то), переносим его на as (сам пробовал - за 10 минут делается), затем например числа-аргументы при шифровании получаем как результат выполнения программы, а текст ее получаем с сервера
и т п....но надо осознавать, стоит ли это того