Да, это возможно
надо только добавить на страничку, в которой находится flash Player простенький скриптик:

Код:
<Script language="JavaScript" type="text/JavaScript">
function closeMe(){
window.close()
}
</script>
вот так
А затем уже эту функцию можно вызывать из Flash:

Код:
getURL("javascript: closeMe()");
PS
я вообще сейчас не проверял, но всё должно работать, я так уже делал=)
PPS 2 iNils only
Это работает с любым окном, да и тем более, разве есть какая-то разница чем оно открыто?