Это вам только кажется, что должны. А на самом деле, это хорошо, что не перекрывает.
Есть два варианта.
1. Заблокировать сами кнопки:

Код:
имя_кнопки.enabled = false;
Этот вариант плох тем, что придется опять писать код, чтобы разблокировать (true) и нельзя полуприкрыть кнопку.
2. Поскольку только кнопка может перекрыть другую кнопку, то надо сделать из клипа поверх кнопки - кнопку. Но при этом отобрать у него реакцию на наведении мыши:

Код:
имя_клипа.onRelease = null;
имя_клипа.useHandCursor = false;
А вернуть как было, если конечно нужно, чтобы клип пропускал мышь к кнопке, нужно так:

Код:
delete имя_клипа.onRelease;
имя_клипа.useHandCursor = true;