Код:
var a= new Sprite();
addChild(a);
var b= new S();
a.addChild(b);
a.getChildAt(0).addEventListener(MouseEvent.MOUSE_DOWN,function(e:Event){trace('aaa')});
Лично у меня все прекрасно работает и даже без обрамления Sprite().
Проверь, действительно ли cont.getChildAt(1) ссылается на клип (например так cont.getChildAt(1).visible=false), возможно ты вешаешь слушателя до добавления клипа в контейнер. Проверь, правильно ли работает функция MouseDown, вызови ее как-нибудь по-другому.