Пример с обычным массивом:

Код:
for (var i:uint = 0;i < array.length;i++) {
array[i] = obj1;
}
Вы передаете ссылку в свою функцию, в функции это уже новая локальная переменная, потом изменяете значение локальной переменной функции на новое. Но эта локальная переменная никакого отношения к массиву не имеет, разве изначально ссылается на некий объект, находящийся в неизвестном массиве.
Если очень хочется, можете написать так (опять же, если array — Array обычный):

Код:
private function updateReference(obj:Object):void {
array[array.indexOf(obj)] = obj1;
}