[BaranovYuriy]

Сталкивался я с этой проблемой..
В хелпе написано примерно так:
в видео есть такая вещь, как контрольные точки (его, кодековские)... при переходе на какую-то секунду флэш ищет ближайшую точку и с нее все воспроизводит... смирись с этим...
можно попробовать пережать видео.