2vol: ну можно и без flexTasks, а на голом анте, общий ход действий ниже (прицепить к нему flexTasks можно очень быстро почитав доку к ним):
Для начала в корне проекта создадим три файла:
local.properties // тут храним локальные пути, у нас он один
build.properties // тут храним пути внутри проекта названия итогового файла и тд
build.xml // сам билд файл
----------local.properties----------:

Код:
compc.path=C:/tools/flex2sdk/bin/compc.exe
----------build.properties----------:

Код:
source.dir=src
output.swc.dir=libs
output.swc=some.swc
----------build.xml----------:

Код:
<?xml version="1.0"?>
<project name="Compile SWC" default="build" basedir=".">
<property file="local.properties" />
<property file="build.properties" />
<property name="compc.args"
value="
-source-path ${source.dir}
-output ${output.swc.dir}/${output.swc}
-include-classes
package.SomeCoolClass
package.SomeClass
" />
<target name="build">
<antcall target="compile.swc" />
</target>
<target name="compile.swc">
<exec executable="${compc.path}">
<arg line="${compc.args}"/>
</exec>
</target>
</project>
После того, как все файлы будут созданы, открой view Ant. В нем тыркни на кнопку add buildfiles и выбирай build.xml который лежит в корне проекта, после того как он появился в списке тыркни на него и наживай Enter. В консольке выпадут сообщения по сборке.
Как вариант вместо передачи множества параметров compc, можно написать свой конфиг для compc и скармливать его с помощью -load-config