Ну да, просто делаешь перед выполнением действий, которые прописаны в onEnterFrame проверку на флаг:

Код:
var varFlag:Boolean=false;
onEnterFrame=function(){
if(!varFlag){
trace("onEnterFrame работает");
}
}
onMouseDown=function(){
varFlag=true;
}
Набирал в бразуере, поэтому может быть код содержит ошибки какие-то, но смысл должен быть ясен. iNils'a код не совсем понял, вот свой и решил набросать.