Чтобы увидеть рисунок, мало создать new Shape() его нужно еще добавить addChild(). Только в Application можно добавлять чайлды которые наследуются от UIComponent, попробуйте так:

Код:
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<mx:Application xmlns:mx="http://www.adobe.com/2006/mxml" layout="absolute" creationComplete="myDraw()">
<mx:Script>
<![CDATA[
import mx.containers.Box;
private function myDraw():void {
var sp:Box = new Box();
sp.graphics.lineStyle(1, 0xFFAAAA, 100);
sp.graphics.moveTo(10, 10);
sp.graphics.lineTo(50, 50);
addChild(sp);
}
]]>
</mx:Script>
</mx:Application>