2Molecula:
по всей видимости у тебя в начале файле присутствует BOM, тут два варианта:
- пересохранить файл в формате utf-8 но без BOM;
- при чтении файла пропустить BOM - навскидку так:

Код:
var fileStream:FileStream = new FileStream();
fileStream.open(file, FileMode.READ);
fileStream.position = 3;
var prefsXML:XML = XML(fileStream.readUTFBytes(fileStream.bytesAvailable));
fileStream.close();