Используйте ExternalInterface:

Код:
function callMe(name:String):String
{
return "busy signal";
}
ExternalInterface.addCallback("myFunction", callMe);
где myFunction-объявление функции в JS, callMe - реальная ф-ция в AS3
из JS вызываем:

Код:
<script language="JavaScript">
// callResult gets the value "busy signal"
var callResult = flashObject.myFunction("my name");
</script>