Код:
// Определяем версию сервера
$query = "SELECT VERSION()";
$ver = mysql_query($query);
if(!$ver) exit("Ошибка при определении версии MySQL-сервера");
$version = mysql_result($ver, 0);
list($major, $minor) = explode(".", $version);
// Если версия выше 4.1 сообщаем серверу, что будем работать с
// кодировкой cp1251
$ver = $major.".".$minor;
if((float)$ver >= 4.1)
{
mysql_query("SET NAMES 'cp1251'"); // соответственно прописываем ту, что нам нужна
}