[Molecula]

Ну так всё правильно, сам гиф или ПНГ имеет свой квадрат.
А если даже во флеше нарисуете карандашом или кистью фигуру - она будет иметь те границы, которые сама нарисовала.

Кладите поверх того мувика другой - прозрачный, пусть он и будет той Хит-областью.