во первых не понятно зачсм два раза onClipLoad, во вторых такой системой написания кода рекомендуют не пользоваться, (лучше this.onEnterFrame=function(){}, где вместо this любое имя MovieClip объекта)...
в третих тебе нужно, чтоб по прошествии 100 (секунд/милисекунд) происходило какое то дейстиве? а то не понятно просто в чем ошибка...если да, то сразу вопрос ammo_timer у тебя объявлена ДО onEnterFrame? если нет, то перед циклом onEnterFrame напиши ammo_timer = getTimer();
а по поводу удаления клипов -

Код:
if (_root.player.hitTest(this)) {
this.removeMovieClip()
}
где вместо this может быть любой обект...