[Skubent]

Это смотря какая ошибка. Если в апдейте рабочей таблицы - то не менять статусное поле лога, ну и игнорировать соответственно все записи с нулевым статусным полем. Ну и раздробить все операции с рабочей таблицей до атомарных, для связанных цепочек придумать несколько вариантов статуса или добавлять промежуточный лог.

ЗЫ. глянул на историю версий мускула. Транзакции там есть уже лет пять, это чтоб огород не городить.