[iNils]

Можно использовать скрипт JSFL

var doc = fl.openDocument ("file:///d|/test.fla");
doc.exportSWF ("file:///d|/test.swf", true);
fl.quit (false);

Запускается так:
flash.exe name_script.jsfl

Но он запускает сам флеш, генерит swf и закрывает флеш