[iNils]

Сделать один запускаемый exe, второму дать имя типа data.dll и загрузить, но все содержимое его поместить в отдельный мувиклип и со второго кадра, а на первом (в мувиклипе, основной тамлайн однокадровый) написать stop(), тогда если и запусят в браузере или в плеере, то все равно кроме цвета фона ничего не увидят.

По поводу версии, в exe встраиваться необходимая версия и подгружаемый swf(dll) будет проигрываться нужной версией.