[etc]

Потому что нажатие клавишы вызывает принудительное обновление сцены, чаще, чем частота кадров.
При таком коде:

var i = 1;
d = "mc";
_root.onMouseDown = function() {
	a = true;
};
_root.onMouseUp = function() {
	a = false;
};
function copy_muv() {
	if (a == true) {
		duplicateMovieClip(d, d+i, i);
		_root[d+i]._x = _root._xmouse;
		_root[d+i]._y = _root._ymouse;
		i++;
		updateAfterEvent();
	}
}
setInterval(copy_muv, 10);

Разницы уже нет.