У меня механизм такой:
1) флеш запрашивает у сервака список файлов. Запрос идет POST, следовательно не кешируется
2) php на сервере выдает список, прилепляя к url файла время последней модификации.
Что-то вроде этого:

Код:
$filename = "somefile.swf";
$url = $filename . "?lastmod=" . filemtime($filename);
Соответственно файл изменен - меняется url и файл грузится, не изменен - броузер сам решает, грузить ему или нет.