[etc]

Все верно, после выполнения цикла значение counter будет равно четырем. Именно эту переменную вы трейсите. Нужно делать так:

for (counter = 1; counter <= 3; counter++) {
	currentImgBut = "imgBut" + counter;
	var mc = _root.imageNum.attachMovie("imgBut", currentImgBut, _root.imageNum.getNextHighestDepth());
	mc.imgNumText.text = counter;
	mc._x = _root.imageNum[currentImgBut]._width * counter;
        mc.id = i;
	mc.onRelease = function () {
		trace (this.id);
	}
}