Очень странно у меня в проекте около 3000 строк, компиляция не более 30 секунд при полном билде проекта. Обычно такой тормоз замечал если в проект встраивать хмл, следущим кодом:

Код:
<mx:XML source="myXml.xml" id="myXML"/>
200 кб хмл тормознули билд где-то на секунд 30. Также я как понимаю любой большой объем информации будь то каринки или хмл данные которые не подгружаються, а встраиваються в проект могут тормозить билдинг.
Если ничего подобного нету, то можете попробывть воспользоваться апдейтом флексбилдер до 2.0.1 и пользоваться модулями:

Код:
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<mx:Module xmlns:mx="http://www.adobe.com/2006/mxml" width="400" height="300">
<mx:Image src="myImage.jpg"/>
</mx:Module>
и соответсвенно загрузка (если не ошибаюсь):
<mx:ModuleLoader id="myModule" url="myEditors/myModule.swf" initialize="myModule.loadModule()"/>