А кто сказал, что swf на сайте и swf в exe одного размера?
Более того, возможно, там может использоваться флешовый ActiveX-компонент из винды и просто не вшиваться в exe.
Ты когда-нибудь пробовал делать Projector? Его вес минимум на мегабайт больше, чем swf.