о_О, ты нашёл ещё и проблему?
Не знал, не знал =)
Тогда проще — накладывай ColorTransform на вложенный мувик, а фильтр на внешний (т.е. ещё один внутренний мувик сделай).
Тем не менее, остается неясным тот факт, что фильтры, выставленные ручками — работают.