[FourSide]

В IE:
Tools - Internet Options - Privacy.
Видим настройки Pop-up Blocker'а. Это примочка для блокирования всплывающих окон.

Для решения вопроса непонятна (лично мне) фраза "запускается аавтоматически" - т.е. при заходе на урл сайта может быть другой вариант? И при чем тут flash?