А флэш по-умолчанию защищён "от прямого скачивания". Где Вы видели в браузере "save swf as"?
Так что вопрос некорректен. А вот усложнить доступ "к телу" флэшки, если человек вознамирелся-таки его скачать - тут могут быть варианты
Но абсолютной защиты нет. Неплохой, кстати, метод, проверенный временем: разбить файл на множество частей, или даже включить его в серверную логику, тогда заставить его работать локально или на другом сервере (да просто понять внутреннюю логику) станет действительно проблемой.