Не знаю получится или нет, но на всякий пожарный попробуй.
Делаем приблизительно так:
Добавь глубину каждого мувика в массив:

Код:
var depthControl:Array= new Array()
var index:Number = 0
for (i in _root) {
if(typeof(_root[i]) == "movieclip") {
depthControl[index] = _root[i].getDepth()
index++
}
}
и когда реализуешь hitTest, в конструкции if.. then... else укажи:

Код:
if (movie.hitTest(_xmouse, _ymouse, true) && movie._alpha == depthControl[порядковый номер глубины в массие]) { дальше код }
Если не получится, то попробуй заменить значение shapeFlag в hitTest на false. Разница в получении команды shape`ом мувика (true), если false, то на щелчок реагирует bounding box.