Попробуй так:

PHP код:
<?php
include "cookie.php";
?>
<?php
if (isset($_POST['login']) {
if (($password_cypt == $_POST['set_pass']) && ($username == $_POST['set_user'])) {
print "<META http-equiv=\"refresh\" content=\"0;URL=index.php\">\n";
}
else {
print "<p>Incorrect Username or Password, please <a href=\"index.php\">go back</a> and try again.</p>\n";
}
}
elseif (($PassMaster[1] == "$set_pass") && ($PassMaster[2] == "$set_user")) {
print "<p><strong><a href=\"logout.php\" onclick=\"NewWindow(this.href,'logout','300','200','no');return false\" title=\"logout\">Logged In</a>:</strong> $PassMaster[2]</p>\n";
И вообще пользуйся лучше вместо глобальных переменных, переменные типа $_GET[] $_POST[] $_REQUEST[] и тд. Так надёжнее.
PS- и незабудь поправить coockie.php

PHP код:
<?php
$password_cypt = md5($_POST['password']);
if (($password_cypt == $set_pass) && ($username == $set_user)) {
setcookie("PassMaster[1]", "$password_cypt", time() + 3600, '/');
setcookie("PassMaster[2]", "$username", time() + 3600, '/');
}
?>
И далее в таком духе... смотри где отслеживаются глобальные переменные и меняй их с глобальных к нормальным...