Написать на javascript потребуется только отслеживание события мыши (перемещение, нажатие, отпускание) и передавать событие и координаты во флэш. Конечно, во флэше начнется геморрой с обработкой мышиных событий, но с этим я смогу разобраться.
ну именно так. вот пример перехвата событий. (можете там на форуме вопрос задать)
http://www.softtime.ru/javascript/dragndrop.php