Флеш принимает либо стринг либо ХМЛ, так что вариантов не много... формируй либо то либо другое. Если массив относительно небольшой, то можно передавать его одним стрингом с каким-нибудь символом разделяющим элементы массива, если нет - строй ХМЛ...
Пример:
html
Код:
my.swf?myArr=1%23%456%2%45
flash
Код:
var myArr_arr:Array = myArr.split["%"]