Я бы посоветовал:
1. Как с горой и Магомедом. Если например видео при перемещении на главный таймлайн сместилось на 200px по x и на 160px по y, то просто в первом кадре пишем:

Код:
_root._x = -200;
_root._y = -160;
Таким образом видео будет в нулевых координатах.
2. Использовать любую тулзу по захвату изображения с экрана.