[Ромастый]

3х мерный - это слишком сложно, к тому же не нужно.
Гексагональная решетка - это тот же 2-мерный массив, только со смещением по x или y на пол-периода.

На уровне скриптов можно организовать 20-ю способами не особо заморачиваясь