Сделал небольшой test case, там всё работает как надо!
http://heilong.oceanography.ru/flash...e_conflict.zip
И linkage IDs и class names одинаковые, но всё работает правильно и каждый клип вызывает свои окошки (смотреть лучше из флэша, чтобы trace был виден). Почему так получилось в рабочем проекте нет сил и большого желания разбираться, тем более я там уже переименовал все одноимённые классы и linkage IDs.
Видать и правда какой-то особый случай...