Я делаю так (в моём примере):
есть админка для рисования карт, там каждой клетке соответствуют 8 клеток соседей (это максимум; для крайних клеток, естественно, меньше). Сохраняется в виде XML (как не буду говорить, это понятно).
Для тех клеток, на которых есть препятствие я не ставлю ссылки на "соседей" и от "соседей", соответственно, на эту клетку тоже не ставлю ссылку.
Это всё идёт в клиентскую часть. Есть массив (одномерный) объектов, типа:
var Relations:Array = new Array();
Relations[0].id = "cell_10"; // уникальное имя для ячейки. зачем делал - не помню
Relations[0].children = new Array(); // массив "соседей" - клеток, на которые я могу перейти.
Relations[0].children[0].id // уникальное имя для ячейки-соседа
Это примерный пример структуры. Можно оптимизировать, можно изменить, просто я делал разными алгоритмами пока не выбрал самый быстрый.