[Ceper@]

Тоесть ты хочешь чтоб они плавно перекатывались или просто менялись местами? Не понятно.

p.s.
На счет позиций.. Мне кажеться легче сделать так:
Сначала сделать массив с кординатами всех "доступных" мест.
Потом написать функцию которая его будет случайно перемешивать.
И выстроить кубики по порядку.

Каждий раз куб будет на новом месте.

Вот функция которая массив "рандомит":

function rnd_array(arg1) {
	el_mem = new Array();
	el_num = new Array();
	el_mem = arg1;
	arg1 = new Array();
	for (;el_num.length<el_mem.length;) {
		j=random(el_mem.length);
		stat=true;
		for (a=0; a<el_num.length; a++) {
			if (j==el_num[a]) {
				stat=false;
			}
		}
		if (stat==true) {
			el_num.push(j);
		}
	}
	for (i=0; i<el_mem.length; i++) {
		arg1.push(el_mem[el_num[i]]);
	}
	return arg1;
}

Пользоваться просто:

myArray=rnd_array(myArray);