[Король]

сцены - крайне глючная вещь. минус у них один - они трудно управляемы. плюсов - ноль: все, что тебе надо сделать на таймлайне - можно сделать в кадрах, если нельзя программной анимацией.
то, что происходит у тебя - скорее всего, в какой-то момент перегружается твой мувик-загрузчик, что вызывает выполнение всего кода на нем заново - второй свф загружается вторично и играет с первого кадра.

присваивать мувику ничего не надо - если он загрузился и его не трогают, то он будет играть, независимо ни от чего. убедись в том, что на слое с этим мувом у тебя только один ключевой кадр и что проигрыватель проходит через него только один раз.