Мда.
FSCommand вызывает на странице функцию Do_FSCommand, передавая ей твои переменные. Так вот что делают: пишут блок switch с блоками case на каждую fscommand (не вызов, а тип команды), в ней разбивают параметры по запятой (ну или еще как, зависит от того, какую ты строку передал вторым параметром fscommand) и, ВНИМАНИЕ, используют как обычные JS переменные в обычной JS функции.
В 99% случаев -- вызывают другую функцию, отдавая ей нужные параметры из только что разобранных.
Пример:

Код:
function Do_FSCommand(command, arg)
{
if(command)
switch(command)
{
case 'open_window':
var args = arg.split(',');
open_window(args);
break;
}
}
function open_window(args)
{
var myWindowHandler = window.open ....
}