1. Builder изначально делался на платформе Dreamweaver, потом макромедия решила (не последнюю роль тут сыграли Osflash сообщество/mtasc/ASDT/FDT (и мой скромный вклад в виде Flashout
<скромность украшает... все, шучу>) и ColdFusion eclipse plugin) чтобы новую версию Flex Builer делать на платформе Eclipse...
По сути билдер - это эклипс с удаленым JDT (java developer toolkit) плюс набор плагинов для Flex-девелопинга. По сути это набор плагинов для эклипс. Это скорее не разница, а равенство.
По тому же принципу создано несколько тулкитов для разных языков и фреймвороков, флекс - не первый. Эклипс удобен своей открытой архитектурой, свободными исходниками, массой готовых решений и наличием большого количества девелоперов умеющих плагины писать.
Если макромедия выпустит свою версию в более менее готовом варианте можно смело ждать потока расширений для Flex Builder.
2. Два варианта ответа - ждать новую версию, второй вариант - писать плагин/расширение самому. Я бы подождал.