Какой-то странный у тебя заказчик... Лично я о прозрачном bmp не слыхал.
Вобщем, ты можешь сделать анимацию из каких угодно файлов, но, если речь идет о flash, стандартный формат - JPG, в него и сконвертятся все bitmap'ы твой анимации после публикации фильма. Так что смело импортируй png или gif и не парься, мой тебе совет
