Ну вообще-то строго говоря флэш не сохраняет, сохраняет скрипт, который написан в SWFKit Pro. Там в нем свой скриптовый язык который может общаться с FS. Вот в нем и реализовано сохранение.
В аттаче лежит исходник флэша и исходник для SWFKit. Там скрипты (4 штуки) Initialise - запускается при старте скомпиленой проги и вычитывает файл конфига, assignKeys - переписывает конфиг файл в соответствии с новыми назначенными клавишами (запускается по кнопке assign keys во вкладке keyset), FileSave - сохраняет файл с данными на диск (по кнопке save as), KeyBind - передает значение забинденых клавиш во флэш и запускается в самом начале флэша при помощи команды - fscommand("ffish_run", "KeyBind"). FileSave и assignKeys вызываеются аналогичным оборазои (fscommand("ffish_run", "FileSave"); fscommand("ffish_run", "assignKeys")
.
Ну вобщем то там все достаточно прозрачно и просто, думаю что кому надо - разбереться. Единственно - нужно скачать swfkit: сайт
http://www.swfkit.com/. Пилюльки в сети к нему так же имеются...