[Злой_ветер]

Зачем крутить flash через power point?
Если люди кроме power point ничего не знают, то сделай презентацию в power point и не мучайся, тем более, что power point особых знаний не требует.

Если делать флешку, то желательно ехе и желательно на весь экран.

Насчет размеров, так можно сделать так, что ролик в 2 Мб тормозить будет страшно, если хочешь, расскажу как.
Тут все зависит от конкретной ситуации, видишь, что тормозит, принимай меры, а если тормозов нет, не дергайся попусту
Для удобства, конечно лучше розбить по мувикам или по сценам, что б не путаться