Разнеси на разные IP.
В файле
httpd.conf :

Код:
<VirtualHost 127.0.0.1>
ServerName localhost
DocumentRoot "E:\SITE"
</VirtualHost>
<VirtualHost 127.0.0.2>
ServerName lhost
DocumentRoot "E:\SITE\SUBSITE"
</VirtualHost>
В файле
hosts:

Код:
127.0.0.1 localhost
127.0.0.2 lhost
Хотя должно работать и так:
В файле
httpd.conf :

Код:
<VirtualHost 127.0.0.1>
ServerName localhost
DocumentRoot "E:\SITE"
</VirtualHost>
<VirtualHost 127.0.0.1>
ServerName lhost
DocumentRoot "E:\SITE\SUBSITE"
</VirtualHost>
В файле
hosts:

Код:
127.0.0.1 localhost
127.0.0.1 lhost