[Lego]

Я делал это так (возможно, не самый элегантный способ).
Смысл следующий: выбирается случайным способом номер элемента массива и переставляется с первым, и так count-раз.

function ArrayShuffle(arr)
{

//можно + 100, + 1000. Чем больше цифра, тем тщательнее
//перемешается

var cnt = arr.length + 10;

for(var i = 0; i < cnt; i++)
{
var index = random(arr.length - 1) + 1;
var tmp = arr[0];
arr[0] = arr[index];
arr[index] = tmp;
}
}