[gruf]

Во - первых, в exe есть флэш плеер точно!!!
Во - вторых, лучше в exe подгружать swf, через LoadMovie();
В - третьих, не забывай о коммандах, которые работают только в exe:
Fscommand ("exec" "MyFile.bat");
Fscommand ("fullscreen" "true/false");
Fscommand ("save" "1.txt"); //(только в пятёрке)
Другие Fscommand возможно тебе и не понадобятся!