[sergwizard]

getTimer
Returns
The number of milliseconds that have elapsed since the movie started playing.
Description
Function; returns the number of milliseconds that have elapsed since the movie started playing.

Из этого следует, что ты не можешь обнулить таймер. Но можешь обнулить РАЗНИЦУ между getTimer() и time.
То есть в нужный момент объявляешь time = GetTimer(). Затем проверяешь getTimer() - time. Если эта разница достигает нужной величины (в твоем случае, это 3000), то ты снова приравниваешь time к getTimer(): time = getTimer(). И опять отслеживаешь разницу.
Примерно так:

time = getTimer();
this.onEnterFrame = function(){
	if(getTimer()-time>=3000){
	//...нужное действие
	time = getTimer();
	}
}