Постараюсь высказаться более ясно
К примеру, создаешь в эффектах тень объекта. Ее нужно слегка отредактировать. Это было бы удобнее сделать на отдельном слое, чтобы при этом не задеть исходный объект. При простом же дублировании слоя фильтры и прочие инструменты будут действовать на все изображение.