Менюха действительно находится в верхнем фрейме, а выпадающая часть отображается в нижнем.
Как это выглядит можно посмотреть здесь:
http://design.dev.ru/frameset.html
Как это организовано - сохраняй страницу и смотри сам, если хорошо знаешь JavaScript. Выносная js-ка весит порядка 30 kb, плюс настройка и техсты в самой страничке.
Справедливости ради надо сказать, что исходник не мой, взят отсюда:
www.dhtmlcentral.com
года 2 назад, мы всего лишь добавили некоторые возможности под свои нужды.
z-index в самом скрипте данной менюхи нигде не используется.
Флешик прикрывал менюху (если не был в слое с z-index:0) в IE6, причем любые другие элементы исправно оказывались под менюхой без z-index.