[SPV]

Чтобы перл мог нормально сортировать русские строки, ему нужно переключить в начале кодировку... Как-то так:
use locale;
use POSIX qw(locale_h);
setlocale("LC_ALL", "ru_RU.CP1251");
или
setlocale("LC_ALL", "ru_RU.KOI8-R");
А по поводу изменения руками - тут проверять нужно, правильно ли файл сохраняется - не появляется ли там пустых строк, виндовых "возвратов коретки" \r и т.п...