Чтобы она его (или хоть даже аутоэкзек.бат) меняла, нужно, чтоб твоя программка была специальной.... ее нужно специальным образом компилировать.... ты же сам понимаешь, нестандартное желание у тебя, значит и решение должно быть нестандартным....
А как ее откомпилировать - так надо знать, что твоя программа делает... Так что давай, опиши......