Нужно смотреть по ситуации. (ты бы исходник кинул... и поговорили бы на конкретном примере)
Если ты используешь Flash 5 то от большого количества слоев при сложной сцене трудно избавиться... (если не использовать action script), а в Flash MX проблема решается папками.
Хотя мне лично не понятно, чем тебе мешают слои... ты их главное называй внятно и не будешь в них путаться
